人体上的腧穴是人们在长期的医疗实践中陆续发现的。在马王堆帛书《五十二病方》中，就记有一些灸治用的穴位。《史记‧扁鹊仓公列传》记载了扁鹊用“三阳五会”穴治疗尸蹶；还叙述了仓公（淳于意）“论俞所居及气当上下出入”。讨论穴位的位置及“气”的传导等情况。通过长期的实践，随着经验的积累，逐步掌握了腧穴作用特性的规律，并予以整理，形成了系统的理论，对腧穴进行了分类和归径。

一、数量的增加

腧穴的发现是由少到多，逐步积累起来的。《内经》中虽有《灵枢‧本输》、《灵枢‧背腧》、《素问‧气穴论》、《素问‧气府论》等论述腧穴的专篇，《气穴论》还提到“气穴三百六十五，以应一岁。”但实际上，《内经》各篇所载的穴名恰为160。《针灸甲乙经》所转载《明堂孔穴针灸治要》一书中的内容，其穴名为349。后世《铜人腧穴针灸图经》、《针灸资生经》、《十四经发挥》、《类经图翼》、《医宗金鉴》等书又略增补，至《针灸逢源》十四经穴名为361。其间所增加的经穴并不算多，可见历代对此都持慎重态度。

二、主治的扩展

历代文献对各腧穴主治经验的记载不断增多，由简到繁。一般说来，记载内容众多者往往是临床较为常用的穴位，其适应范围广，治疗作用大。如足三里是临床最常用的经穴之一，文献记载内容最为丰富。早在《内经》中说有多处论述；后世针灸歌赋中也反复提到，人们对足三里治疗作用的认识是逐步扩展和加深的，《内经》中主要阐述足三里对胃肠的调整作用，凡是“邪在脾胃”，无论虚实寒热都可“调于三里”；对“邪在胆，逆在胃”的呕逆症，还可“取三里以下胃气逆”。《明堂孔穴针灸治要》、《针灸甲乙经》主要补充了足三里的泻阳明经热的作用，以治狂歌、妄言、口噤、喉痹、乳痈有热等。至三国时，华佗才提出“疗五劳赢瘦，七伤虚乏”；南北朝时，秦承祖指出其“诸病皆治”。说明那时已强调其补虚、益气作用。《外台秘要》说：“人年二十以上，若不灸三里，令人气上冲目。”后人即据此而常灸三里以防治中风，称之为“保健灸”。宋代张杲《医说》载：“‘若要安，三里莫要干’。患风疾人宜灸三里者，五脏六腑之沟渠也。常欲宣通，即无风疾。”说明历代对足三里的认识日益深化，主治病症逐步扩展，且从治疗发展而为预防保健之用，但三里用于“气上冲目”，主要是指情志所伤的上盛下虚症，而不是指外感风邪之症。元代李东垣因而指出：“六淫客邪，及上热下寒、筋骨皮肉血脉之病，错取于胃之合（足三里），大危。”辨明表里，又使对经穴主治作用的掌握更趋明确。

随着认识的不断深化、系统化，古代医家根据腧穴所在位置和主治作用方面的不同特点，于分经之外又划分不同类别（五腧穴、原穴、络穴、郄穴、背俞穴、募穴、交会穴等）。早在《内经》中就已有五腧穴、原穴、络穴等记载，《明堂孔穴针灸治要》则全面记载了四肢部的井、荥、输、原、经、合、络、郄穴；头身部的俞、募穴及各经交会穴，这些有特定称号的腧穴近人称之为特定穴，《难经‧四十五难》又提出脏、腑、气、血、筋、脉、骨、髓八个会穴，如以脾募章门为“脏会”，胃募中脘为“腑会”等。宋元时期针灸家又提出“八脉交会穴”，认为上下肢有八个经穴分别通向奇经八脉，如以手厥阴络穴内关通阳维脉，手少阳络穴外关通阳维脉等。这种从不同的理论概念对经穴进行组合归类以说明其主治特性，对于临床选穴有一定的指导意义。后世针灸家也常从临床实用出发提出一些常用要穴，或编成歌诀以便于记诵，如《四总穴歌》、《马丹阳天星十二穴歌》等。这只是说明经验用穴，与按性能归类的意义有所不同。

四、奇穴的应用

从历史发展的角度来看，有些奇穴的发现要比经穴为早。有的经穴即来源于奇穴，如风市初见于《肘后方》，后被归入足少阳胆经；膏肓俞初见于《千金方》。后被归入足太阳膀胱经。部分未被归入十四经系统者，或近世所发现的新穴，则以“奇穴”的形式流传，如印堂、太阳、阑尾、胆囊等穴，有些奇穴则是出于经穴的演变或传误，如《千金方》所载“手逆注”原系于阳明大肠经温溜穴的别名；《医学入门》所载“痞根”实即是太阳膀胱经肓门穴的演变。奇穴在历代针灸学著作中续有收集，明‧方贤《奇效良方》专列“奇穴”一节，集有26个奇穴。《针灸大成》、《类经图翼》等书也有专篇介绍，收集奇穴数目更多。