明清，特別是明代，是我國針灸史上一個鼎盛時期。一方面，它繼宋之後又完成了一次大的總結，出現了《針灸大成》、《針灸大全》、《針灸集成》這樣一些集大成的著作；同時又人材輩出，產生了不少著名的針灸家。在這種情況下，針灸治療傳統難病也進入了比較成熟時期。它反映在以下几個方面：
一、病種分化趨向精細：
針灸治療難病的病種，至明清雖無明顯增加，但其中不少病症都出現分化。如鼓脹一症，即分鼓脹、水腫、石水、血鼓、單鼓脹、腫滿難步、脾虛腹脹、腹中氣脹等；積聚痞塊，亦分久痞、結積留飲、肺積、心積、肝積、脾積、氣塊、痞塊悶痛、血瘕等多種，其選穴配方均有不同。這不僅擴大了針灸治療範圍，也有利於治療效果的提高。
二、辨證施治日益完善：
在辨證方面，已經完全超出了《內經》那種較原始粗略的水平。或從病因病機辨證，如「痿，有濕熱、有痰、有無血而虛、有氣弱、有瘀血」(《針灸聚英‧卷二》)；或從形態症狀辨證，如「項癭之證有五：一曰石癭，如石之硬；二曰氣癭，如綿之軟；三曰血癭，如赤脈細絲；四曰筋癭，乃無骨；五曰肉癭，如袋之狀」(《針灸大全‧卷之四》)。對難病治療的困難，在施治上明清醫家也作了大量的探索。一種是從病因病機上尋找療效不好的原因，重新選穴組方進行治療。《針灸大成》中的「治症總要」一切，就有不少這方面記載。如目生內障，用瞳子髎等穴未效，「此數穴針之不效，何也答曰：怒氣傷肝，血不就舍，腎水枯竭，氣血耗散，臨患之時，不能節約，恣意房事，用心過多，故得此症，亦難治療。復針後穴：光明、天府、風池」(《針灸大成‧卷九》)；一種則是在針法上下功夫：明清針灸家已積累相當經驗，發現運用各種複式補瀉手法對難病有顯著的治療作用，如「久患偏枯」應用「通經接氣」之法(《金針賦》)；以留氣之訣，治療痃癖症瘕；抽添之訣，用於癱瘓瘡癩等等。同時，對一些具體病症的針刺手法和感應也有介紹，如水腫腹脹，針中脘時，「皮膚初似堅固，徐徐納針，已過皮膚，針鋒如陷空中，至其內胞，忽覺似固，病人亦致微動，然後停針，留十呼，徐徐出針」(《針灸集成‧卷二》)。有的醫家還根據針感情況來判斷治療的難易，如清‧江上外史指出「凡針入穴宜漸次從容，而進攻病者，知酸知麻知痛，或似酸似麻似痛之不可忍者即止，此乃病源已在于此。…針入不覺者，病深難療」(《針灸內篇》)。其實際臨床價值，值得探討。
三、取穴組方基本規範：
針灸治療難病的選穴，在唐以前一般以一病(症)一穴為主，至宋雖然每種病症附有多個穴位供選擇，但嚴格地說只是收集前人記載的有效穴加以羅列，還不能算是穴位配方。真正嚴謹的穴方始于明代，在《針灸大成》和《針灸聚英》等書中均有大量記載。其中不少處方用穴精到，且表明施針施灸之法，如痿症，「針中瀆、環跳；灸三里、肺俞」(《針灸聚英‧卷二》)，至今仍有臨床意義。考慮到急難病症，症情複雜難愈，楊繼洲在《針灸大成》「治症總要」中，還對所述的89種針灸治療的病症，大都提供兩套穴方，供治之不效時選擇。難病也占相當一部分，例如，「目生翳膜：睛明、合谷、四白…刺之不效…復刺後穴：太陽、光明、大骨空、小骨空。」取穴規範化還體現在對大量具有比較專一治療作用的奇穴進行整理和總結。這些奇穴多數可用治難病。這方面工作做得較多的是《醫學入門》和《針灸大成》，特別是後者，專辟「經外奇穴」予以載述。34個奇穴中，近一半可治難病，尤其睛中一穴，採用金針撥障法，現代經改進後，已推廣應用於老年性白內障治療。清代的《醫宗金鑒‧刺灸心法要訣》中，還增加了專治瘰癧的瘰癧穴和專攻痞塊的痞根穴等多個奇穴。
四、難病針灸醫案已較完善：
在祖國醫學中，醫案既是治療的一個總結，同時又往往是治療水平的標誌之一。難病針灸醫案，在歷代醫籍中記載很少，且多失之于簡略。如前述《針灸資生經》所載治李生水腫案即是。我國古代針灸醫案保存最多且記錄詳細涉及病症較廣的應推明代楊繼洲醫案。醫案共27則，多為急症，但難病亦為主要內容，包括小兒疳疾，「藥日服而人日瘦」(《針灸大成‧卷九》)，非藥可愈之痰核結于皮里膜外，胃旁痞塊如覆杯，脾胃虛弱時常瀉痢，形體羸瘦、藥餌難愈的膈氣之疾等，涉及內、外、兒各科之難病，而治療上更是用穴精到，補瀉得宜，療效卓著，不僅體現了一代醫家的診治水平，而且至今仍有參考價值。如所載膈氣一症，診治時已形體羸瘦、六脈沉澀，楊氏「取膻中，以調和其膈，再取氣海，以保養其源」，并「擇時針上穴，行六陰之數，下穴行九陽之數，各灸七壯，遂全愈」(《針灸大成‧卷九》)。在本案中取穴少而精，且將針法、灸法、補法、瀉法及時間針法巧妙結合運用，在一定程度上反映了針灸對傳統難病治療有日趨成熟。
綜上所述，用針灸治療難病在我國始于春秋戰國時期，而奠基於秦漢西晉，通過唐至金元的反覆臨床實踐和文獻總結，至明清已逐漸形成一套比較完整的治療方法。這套方法和針灸治療其他病症既相一致，又有一定獨特之處。應該說明的是，首先，這裡所指的是針灸治療傳統難病而言，與現代難病相比，傳統難病的病種較為局限，難治程度一般較低，且對療效要求也不嚴格。其次，與急症針灸比較，以發展速度上及理法方穴的成熟程度上，難病針灸都存在一定的距離。這與我國古代臨床上以救治急症為主的實踐是分不開的。在我國古代針灸治療學上，難病針灸始終沒有佔據主導地位。難病針灸的真正突破是在現代，古代所積累的豐富而寶貴的臨床知識和實踐經驗則是為實現其突破提供了不可缺少的理論和物質基礎。
