明清，特别是明代，是我国针灸史上一个鼎盛时期。一方面，它继宋之后又完成了一次大的总结，出现了《针灸大成》、《针灸大全》、《针灸集成》这样一些集大成的著作；同时又人材辈出，产生了不少著名的针灸家。在这种情况下，针灸治疗传统难病也进入了比较成熟时期。它反映在以下几个方面：
一、病种分化趋向精细：
针灸治疗难病的病种，至明清虽无明显增加，但其中不少病症都出现分化。如鼓胀一症，即分鼓胀、水肿、石水、血鼓、单鼓胀、肿满难步、脾虚腹胀、腹中气胀等；积聚痞块，亦分久痞、结积留饮、肺积、心积、肝积、脾积、气块、痞块闷痛、血瘕等多种，其选穴配方均有不同。这不仅扩大了针灸治疗范围，也有利于治疗效果的提高。
二、辨证施治日益完善：
在辨证方面，已经完全超出了《内经》那种较原始粗略的水平。或从病因病机辨证，如“痿，有湿热、有痰、有无血而虚、有气弱、有瘀血”(《针灸聚英‧卷二》)；或从形态症状辨证，如“项瘿之证有五：一曰石瘿，如石之硬；二曰气瘿，如绵之软；三曰血瘿，如赤脉细丝；四曰筋瘿，乃无骨；五曰肉瘿，如袋之状”(《针灸大全‧卷之四》)。对难病治疗的困难，在施治上明清医家也作了大量的探索。一种是从病因病机上寻找疗效不好的原因，重新选穴组方进行治疗。《针灸大成》中的“治症总要”一切，就有不少这方面记载。如目生内障，用瞳子髎等穴未效，“此数穴针之不效，何也答曰：怒气伤肝，血不就舍，肾水枯竭，气血耗散，临患之时，不能节约，恣意房事，用心过多，故得此症，亦难治疗。复针后穴：光明、天府、风池”(《针灸大成‧卷九》)；一种则是在针法上下功夫：明清针灸家已积累相当经验，发现运用各种复式补泻手法对难病有显著的治疗作用，如“久患偏枯”应用“通经接气”之法(《金针赋》)；以留气之诀，治疗痃癖症瘕；抽添之诀，用于瘫痪疮癞等等。同时，对一些具体病症的针刺手法和感应也有介绍，如水肿腹胀，针中脘时，“皮肤初似坚固，徐徐纳针，已过皮肤，针锋如陷空中，至其内胞，忽觉似固，病人亦致微动，然后停针，留十呼，徐徐出针”(《针灸集成‧卷二》)。有的医家还根据针感情况来判断治疗的难易，如清‧江上外史指出“凡针入穴宜渐次从容，而进攻病者，知酸知麻知痛，或似酸似麻似痛之不可忍者即止，此乃病源已在于此。…针入不觉者，病深难疗”(《针灸内篇》)。其实际临床价值，值得探讨。
三、取穴组方基本规范：针灸治疗难病的选穴，在唐以前一般以一病(症)一穴为主，至宋虽然每种病症附有多个穴位供选择，但严格地说只是收集前人记载的有效穴加以罗列，还不能算是穴位配方。真正严谨的穴方始于明代，在《针灸大成》和《针灸聚英》等书中均有大量记载。其中不少处方用穴精到，且表明施针施灸之法，如痿症，“针中渎、环跳；灸三里、肺俞”(《针灸聚英‧卷二》)，至今仍有临床意义。考虑到急难病症，症情复杂难愈，杨继洲在《针灸大成》“治症总要”中，还对所述的89种针灸治疗的病症，大都提供两套穴方，供治之不效时选择。难病也占相当一部分，例如，“目生翳膜：睛明、合谷、四白…刺之不效…复刺后穴：太阳、光明、大骨空、小骨空。”取穴规范化还体现在对大量具有比较专一治疗作用的奇穴进行整理和总结。这些奇穴多数可用治难病。这方面工作做得较多的是《医学入门》和《针灸大成》，特别是后者，专辟“经外奇穴”予以载述。34个奇穴中，近一半可治难病，尤其睛中一穴，采用金针拨障法，现代经改进后，已推广应用于老年性白内障治疗。清代的《医宗金鉴‧刺灸心法要诀》中，还增加了专治瘰疬的瘰疬穴和专攻痞块的痞根穴等多个奇穴。
四、难病针灸医案已较完善：
在祖国医学中，医案既是治疗的一个总结，同时又往往是治疗水平的标志之一。难病针灸医案，在历代医籍中记载很少，且多失之于简略。如前述《针灸资生经》所载治李生水肿案即是。我国古代针灸医案保存最多且记录详细涉及病症较广的应推明代杨继洲医案。医案共27则，多为急症，但难病亦为主要内容，包括小儿疳疾，“药日服而人日瘦”(《针灸大成‧卷九》)，非药可愈之痰核结于皮里膜外，胃旁痞块如覆杯，脾胃虚弱时常泻痢，形体羸瘦、药饵难愈的膈气之疾等，涉及内、外、儿各科之难病，而治疗上更是用穴精到，补泻得宜，疗效卓著，不仅体现了一代医家的诊治水平，而且至今仍有参考价值。如所载膈气一症，诊治时已形体羸瘦、六脉沉涩，杨氏“取膻中，以调和其膈，再取气海，以保养其源”，并“择时针上穴，行六阴之数，下穴行九阳之数，各灸七壮，遂全愈”(《针灸大成‧卷九》)。在本案中取穴少而精，且将针法、灸法、补法、泻法及时间针法巧妙结合运用，在一定程度上反映了针灸对传统难病治疗有日趋成熟。
综上所述，用针灸治疗难病在我国始于春秋战国时期，而奠基于秦汉西晋，通过唐至金元的反复临床实践和文献总结，至明清已逐渐形成一套比较完整的治疗方法。这套方法和针灸治疗其他病症既相一致，又有一定独特之处。应该说明的是，首先，这里所指的是针灸治疗传统难病而言，与现代难病相比，传统难病的病种较为局限，难治程度一般较低，且对疗效要求也不严格。其次，与急症针灸比较，以发展速度上及理法方穴的成熟程度上，难病针灸都存在一定的距离。这与我国古代临床上以救治急症为主的实践是分不开的。在我国古代针灸治疗学上，难病针灸始终没有占据主导地位。难病针灸的真正突破是在现代，古代所积累的丰富而宝贵的临床知识和实践经验则是为实现其突破提供了不可缺少的理论和物质基础。