針灸治療難病的載述，和急症針灸一樣，最早也可追溯到湖南馬王堆漢墓出土的、約成書于春秋戰國時期的二部關於經脈的帛書。里面提到了「耳聾」、「產馬」(馬刀，即瘰癧)」等症，用灸經脈之法來進行治療。但總的看，有關內容不多，治法單一。

我國古代的著名醫著《黃帝內經》，初步奠定了用針灸治療傳統難病的基礎。它的貢獻主要有以下几個方面：

一、記載病種初具規模：

《內經》全面總結了先秦醫家應用針灸治療難病的經驗，所載病種，涉及內、外及五官各科，包括以下病症：「偏枯」、「痱」病等肢體癱瘓性疾病「飲食不下，膈塞不通」(《靈樞‧四時氣》)的噎膈症及痹症、痿症、膨脹、積聚、喘咳、癇症、厲風(麻風)、瘰癧、耳聾、口目僻(面神經麻痹)等。除婦科和兒科，實際上它已經在很大程度上概括了我國古代針灸所治的難病病種，後世只是在這一基礎上補充和分化而已。

二、辨治方法粗略形成：

在《內經》中，已經提出了難病針灸的辨治。其一為據症候施行不同針灸之法，如以肢體癱瘓而言，「身偏不用而痛，言不變，志不亂」的偏枯，因「病在分腠之間」，採用「巨針取之，益其不足，損其有餘」(《靈樞‧熱病》)；而對「身無痛」「四肢不收，智亂不甚」的痱病，則據起病部位的先後選取經穴，如「病先起于陽，後入于陰者，先取其陽，後取其陰」，針法則用「浮而取之」(《靈樞‧熱病》)。其二，按病邪所在，採用不同的刺灸法，噎膈症，「邪在胃脘，在上脘則刺抑而下之；在下脘則散而去之」(《靈樞‧四時氣》)。其三，按病變部位不同，選針灸之法各異。如痹症，《內經》分骨痹、肌痹、筋痹三類，病變部位各不相同，骨痹，「病在骨，骨重不可舉，骨髓酸痛，寒氣至」，針宜深刺；筋痹，「病在筋，筋攣節痛，不可以行」，則「刺筋上為故，刺分肉間」；肌痹，「病在肌膚，肌膚盡痛…傷于寒濕，刺大分小分，多發針而深之，以熱為故」(《素問‧長刺節論》)。當然，這種辨治方法還比較粗糙，但在當時應該說是難能可貴的，且對後代針灸醫家也有重要影響。特別是有些治療原則，諸如「治痿獨取陽陰」(《素問‧痿論》)等，仍為今天針灸臨床所遵循。

難病症候複雜，遷延難愈，治療不易，當時的醫家，通過摸索驗證，已初步得到一些經驗，並在《內經》中反映出來。首先是主張不同病症，宜選用不同的針具，如治療水腫，可用「鈹針針之」(《靈樞‧四時氣》)，偏枯用巨針；厲風，則在腫上「以銳針針其處，按出其惡氣，腫盡乃止」(《靈樞‧四時氣》)，其次，講究針刺手法，如寒熱瘰癧，強調針刺時應「審按其道以予之，徐往徐來以去之」(《靈樞‧寒熱》)；噎膈，針刺時要求「視氣所行，先淺刺其傍，稍內益深，還而刺之，毋過三行，察其浮沉，以為深淺」(《靈樞‧上膈》)。另外，《內經》也注意到綜合治療的問題，如噎膈，要求「已刺必熨，令熱入中」(《靈樞‧上膈》)，還強調針刺過程中要配合飲食，如癘風，宜「常食方食，無食他食」(《靈樞‧四時氣》)。以上這些措施對提高針灸治療難病的療效，有一定作用。