针灸治疗难病的载述，和急症针灸一样，最早也可追溯到湖南马王堆汉墓出土的、约成书于春秋战国时期的二部关于经脉的帛书。里面提到了“耳聋”、“产马”(马刀，即瘰疬)”等症，用灸经脉之法来进行治疗。但总的看，有关内容不多，治法单一。
我国古代的著名医著《黄帝内经》，初步奠定了用针灸治疗传统难病的基础。它的贡献主要有以下几个方面：
一、记载病种初具规模：
《内经》全面总结了先秦医家应用针灸治疗难病的经验，所载病种，涉及内、外及五官各科，包括以下病症：“偏枯”、“痱”病等肢体瘫痪性疾病“饮食不下，膈塞不通”(《灵枢‧四时气》)的噎膈症及痹症、痿症、膨胀、积聚、喘咳、痫症、厉风(麻风)、瘰疬、耳聋、口目僻(面神经麻痹)等。除妇科和儿科，实际上它已经在很大程度上概括了我国古代针灸所治的难病病种，后世只是在这一基础上补充和分化而已。
二、辨治方法粗略形成：
在《内经》中，已经提出了难病针灸的辨治。其一为据症候施行不同针灸之法，如以肢体瘫痪而言，“身偏不用而痛，言不变，志不乱”的偏枯，因“病在分腠之间”，采用“巨针取之，益其不足，损其有余”(《灵枢‧热病》)；而对“身无痛”“四肢不收，智乱不甚”的痱病，则据起病部位的先后选取经穴，如“病先起于阳，后入于阴者，先取其阳，后取其阴”，针法则用“浮而取之”(《灵枢‧热病》)。其二，按病邪所在，采用不同的刺灸法，噎膈症，“邪在胃脘，在上脘则刺抑而下之；在下脘则散而去之”(《灵枢‧四时气》)。其三，按病变部位不同，选针灸之法各异。如痹症，《内经》分骨痹、肌痹、筋痹三类，病变部位各不相同，骨痹，“病在骨，骨重不可举，骨髓酸痛，寒气至”，针宜深刺；筋痹，“病在筋，筋挛节痛，不可以行”，则“刺筋上为故，刺分肉间”；肌痹，“病在肌肤，肌肤尽痛…伤于寒湿，刺大分小分，多发针而深之，以热为故”(《素问‧长刺节论》)。当然，这种辨治方法还比较粗糙，但在当时应该说是难能可贵的，且对后代针灸医家也有重要影响。特别是有些治疗原则，诸如“治痿独取阳阴”(《素问‧痿论》)等，仍为今天针灸临床所遵循。
三、刺灸经验开始积聚：
难病症候复杂，迁延难愈，治疗不易，当时的医家，通过摸索验证，已初步得到一些经验，并在《内经》中反映出来。首先是主张不同病症，宜选用不同的针具，如治疗水肿，可用“铍针针之”(《灵枢‧四时气》)，偏枯用巨针；厉风，则在肿上“以锐针针其处，按出其恶气，肿尽乃止”(《灵枢‧四时气》)，其次，讲究针刺手法，如寒热瘰疬，强调针刺时应“审按其道以予之，徐往徐来以去之”(《灵枢‧寒热》)；噎膈，针刺时要求“视气所行，先浅刺其傍，稍内益深，还而刺之，毋过三行，察其浮沉，以为深浅”(《灵枢‧上膈》)。另外，《内经》也注意到综合治疗的问题，如噎膈，要求“已刺必熨，令热入中”(《灵枢‧上膈》)，还强调针刺过程中要配合饮食，如疠风，宜“常食方食，无食他食”(《灵枢‧四时气》)。以上这些措施对提高针灸治疗难病的疗效，有一定作用。
