针灸意外可分为反应性损伤、物理性损伤、化学损伤及生物性损伤四类。
一、反应性损伤：它是针灸过程中，由于被针灸者心理状态不稳定、饥饿、疲乏、体质过敏等因素，或由于针灸刺激量过大，时间过长等引起的患者一系列机体功能紊乱。反应性损伤包括最为常见的反射性昏厥(晕针、晕灸、晕罐)，尚有过敏性反应(如过敏性皮疹)，癔症样反应、激光反应等。目前尚不清楚其本质的经络反应(循经出现的功能障碍、经络皮肤病等)，也应归属此类。
二、物理性损伤：由于针刺、艾灸(也包括拔罐)使用不当，过强的物理刺激(机械刺激或温热刺激)作用于机体，引起组织或器官的解剖完整性的破损，称为物理性损伤。鉴于目前临床上普遍采用隔物灸，直接灸很少使用，因温热刺激造成的物理性损伤报道不多，而拔罐时间过长，虽可出现水泡等现象，但对机体损伤不大。所以，物理性损伤中最普遍，危害最为严重的应是针刺机械性损伤。针刺造成的机械性损伤，涉及内脏、神经、血管等。机械性损伤的特点是，从损伤后至临床上出现相应症状的时间一般不太长，其因果关系易于确定。机械性损伤是所有针灸损伤中最为严重的一种，其严重程度又与所损及的脏器有关。一般而言，以损伤中枢神经组织和重要脏器的后果最为严重，往往导致死亡。机械性损伤也是针刺损伤中十分常见的一种，如气胸就是最多见的机械性损伤。三、化学性损伤：它是指针刺治疗过程中，由于在穴位中注射某些化学药物而导致的机体组织的损伤。化学性损伤是伴随着穴位注射疗法的开展而出现的。由于注射部位的不同，大体上可分为三类，即：软组织损伤(多发生于前臂和手部的一些穴位作穴位注射时，可造成手的畸形和功能障碍)，周围神经损伤(常见桡神经、尺神经、正中神经和胫神经损伤，出现相应的临床症状)，血管损伤(以血栓性脉管炎的发生率最高)。导致化学性损伤的原因，除了操作不当外，往往与所注射的药液密切相关，包括药液的性质、酸碱度、浓度及剂量大小等。化学性损伤的发生率也相当高，尤其是因穴位注射导致手部畸形的病例，更居于各类针刺损伤之冠。化学性损伤后果的严重程度虽不及机械性损伤，但因其出现普遍，加之近年来不断有新药加入穴位注射行列，故对此类损伤切不可掉以轻心。
四、生物性损伤：主要是指针刺引起的继发性感染，即通过针具(毫针或穴位注射的注射针头、皮肤针、三棱针等)，将病原微生物，即寄生虫、细菌、病毒等，植入被针灸者机体所导致的损伤。这种损伤又分为二类，一类是针具本身消毒不严，将外界的致病微生物带入被针者的机体，引起感染。如各种化脓性感染及由此导致的败血症、脓毒血症等，多为细菌所致；另一类是通过未经严格消毒的针具将其他患者体内的病原微生物传播给被针者，针具成了传播媒介。其中以传播病毒性乙型肝炎最常见，也最危险，此种情况多见于病毒感染。此外，尚有通过针具移植包虫的报道。