根据脏腑经络学说的论述，疼痛的引起虽可缘于多种原因，但概括起来，不外乎是气血的病变所致。《难经‧三十难》论述气血时说：“血为荣，气为卫，相随上下，谓之荣卫。通于经络，营周于外。”所以气血的病变不外乎“不通”、“不荣”。
首先是“不通则痛”。《素问‧举痛论》说：“经脉流行不止，环周不休。寒气入经而稽迟，泣而不行，客于脉外则血少，客于脉中则气不通，故卒然而痛”，“寒气客于肠胃之间，膜原之下，血不得通，小络急引故痛”，“热气留于小肠，肠中痛，瘅热焦渴，则坚干不得出，故痛而闭不通矣”。这些论述，言简意赅地描述了邪气壅闭经络，气血凝涩不通而致痛的基本原理。金元时期，李东垣在《内经》基础上，进一步明确提出了“痛则不通”的概念。
疼痛的另一起因是“不荣则痛”。《素问‧举痛论》说：“阴气竭，阳气未入，故卒然而痛。”《灵枢‧五癃津液别》说：“髓液皆减而下，下过度则虚，虚故腰背痛而胫酸。”这些论述，都是指外邪导致脏腑功能低下，气血亏损而引起疼痛。
总之，所有疼痛的引起，都可归结为气血的病变。现代医学关于炎症、血管或肌肉痉挛而致使局部组织充血或缺血而引起的疼痛，都可以用气血不通、不荣来解释；至于创伤所致的疼痛，更是脏腑经络因外伤的直接作用，导致气血运行失调而引起的。
痛固然可归咎于气血的病变，但必须在“神”的参与下才能产生。而神则和脏腑中的心和肾关系最为密切，尤其是在心的主宰之下。心在脏腑中占据首要地位，是“五脏六腑之大主也，精神之所舍也”(《灵枢‧邪客》)，“故主明则下安，以此养生则寿…主不明，则十二官危，使道闭塞而不通，形乃大伤，以此养生则殃”(《素问‧灵兰秘典论》)。总之，“脏腑百骸，惟所是命，聪明智慧，莫不由之”(张景岳：《类经‧脏象类一》)。神在心的主宰下如果发生某种变化，则机体对疼痛刺激的敏感程度和耐受力也随着发生变化。例如，人体在“神昏”、“失神”，即神志昏迷、丧失意识的情况下，就不可能感知痛。所以，《素问‧至真要大论》总结道：“诸痛痒疮，皆属于心。”
至于针刺穴位的镇痛效应，则是通过“调气”和“治神”的作用而实现的。调气，一方面是调整经络脏腑中气血的有余或不足；另一方面在于协调气血的运行，使之能起正常的营卫作用。治神，一方面是调动心的主宰功能，以移其神，另一方面则是令气易行，进而调节经络脏腑的活动。总之，“用针之类，在于调气”，“凡刺之真，必先治神”。这是临床针治的基本原则，也是针刺镇痛的基本原理所在。