一、辨病取穴
辨病取穴，主要是根据西医疾病诊断，来进行头针处方取穴。
根据疾病的病变部位进行头针取穴，以焦氏和方氏体系的头针刺激部位为主。且以中枢系统病变为代表。例如急性脑血管病出现偏瘫，其病变部位在中央前回和中央后回，则分别取用运动区(倒像)和感觉区(倒像)。如用头针穴名标准化方案，则分别为顶颞前斜线和顶颞后斜线。急性脑血管病所导致的失语，其病变部位在布洛卡区(Broca's区)、颞上回后部和角回等大脑皮质功能定位区，从而产生运动性、感觉性、命名性失语等，其相应的头针取穴，则以运动区下1/5(说话)、言语3区(信号)和言语2区(记忆)为主。可见，根据大脑皮质功能定位区域制定的头针刺激区，应属于辨病取穴的范畴。
除了急性脑血管病以外，对各种癫痫患者根据脑电图显示确定其病变部位，来选用相应部位的头针刺激区，也属上述的范畴。如额叶癫痫取额区各线(区、带)，顶叶癫痫取头顶区各线(区、带)，颞叶癫痫取颞区各线(区、带)，枕叶癫痫取枕区各线(区、带)等。也有人根据CT定位确定急性缺血性中风的大脑皮质受损部位，取用相应的头针刺激区来进行头针治疗的。
根据神经生理学观点以及脑功能与血流的关系，取用相应的头针刺激区，也属于辨病取穴的范畴。如小儿脑性瘫痪，病变不仅影响中央前回和中央后回，也影响额上回前部和后部以及颞上回后部，尽管后者并未发生定位症状，也应在处方中加以考虑。因此，在治疗小儿脑性瘫痪时，不仅要取运动区、感觉区，而且要取额5针、颞3针、运动前区和附加运动区等。
二、辨证取穴辨证取穴，也就是根据病人出现症状等的证候辨析，运用中医辨证论治的处方原则，来指导头针处方取穴。在辨证取穴中，可根据经络学说和脏象学说指导原则的不同，分为循经取穴和脏腑功能取穴二种。
(一)循经取穴
头针刺激区(线、带)有不少和头部经络循行路线相重叠。如在该经络沿线出现病症，则可取用与该经络在头部的循行路线相重叠的头针刺激区(线、带)。例如，急性腰扭伤和慢性腰背痛，属督脉和足太阳经病，在头针处方中，取用枕上正中线和枕上旁线，就是循经取穴的例子。除了头针刺激区以外，头部穴位的配合取用，更适宜于循经取穴的原则。如足跟痛为足少阳经筋病，配用足少阳经风池穴进行针刺治疗，就属于循经取穴。
(二)脏腑功能取穴
中医脏象学说，是研究人体脏腑生理功能和病理变化及其脏腑之间相互关系的理论。根据脏腑功能的生理病理变化，来指导头针取穴，是头针处方的重要原则。
例如，心主血脉，心主神志，心开窍于舌。根据脏腑功能取穴，血脉病、神志病、舌病都可取用与“心”相关的头针刺激区(线、带)，焦顺发体系为“胸腔区”，方云鹏体系为“上焦”(伏脏)，汤颂延体系为“心区”，朱明清体系为“额顶带前方2/4区域”，头针穴名标准化方案为“额旁1线(右侧)”等。又如肺主呼吸，开窍于鼻，外合皮毛。因此，与呼吸、鼻、皮毛有关的病，如咳嗽、气喘、胸闷、感冒、鼻炎、皮肤瘙痒症，都可取用额旁1线(双侧)等。
根据脏腑之间的关系，进行头针处方取穴，也是脏腑功能取穴的重要内容。例如，在脏象学说中，肾水可以涵养肝木。若肾阴不足则肝阳上亢，所谓“阴虚阳亢”，在临床上产生头晕、目眩、腰酸、耳鸣等。这些症状和“阴虚阳亢”的病证，常在高血压病中出现。因此，对高血压肾阴虚而肝阳上亢者，则可取用额旁3线以补肾(用针刺补法)、额旁2线(左)以泻肝(用针刺泻法)。
三、对症取穴对症取穴，可以根据临床经验，选用一些对某症状效果突出的头针刺激区(线、带)来进行针刺治疗。例如，朱氏体系的“顶结后带”(顶结后线)，是在临床上治疗肩关节周围炎等所致肩痛的有效头针刺激区；朱氏体系的“顶结前带”(顶结前线)，是在临床上治疗坐骨神经痛和其他腰腿痛的有效针刺激区。用以治疗肩痛和腰腿痛，就属于对症取穴(或称经验取穴)范畴。
根据中医整体观(具有生物全息律思想)来制定的头针刺激区，常是对症取穴的主要对象。汤氏体系中，各个刺激区的命名，大多以人体相应部位来称呼。因此，在对症取穴时可以直接应用。如咽痛取咽喉区，肩前痛取肩阴线，肩后痛取肩阳线，心悸取心区，排尿困难取泌殖区，语言障碍和智力迟缓取语智区，如此等等，都属于对症取穴。