一、按脏腑辨证配穴

其配穴原则是依据中医传统的脏象学说来取穴配方的。如肺穴，因肺主皮毛，用治皮肤病及外科手术切皮时的麻醉用穴；肺开窍于鼻，故可治鼻部疾病等。又如肾主骨，其华在发，所以可取肾穴治脱骨疽(血栓闭塞性脉管炎)、斑秃等。心主神明，主血脉，故可治神经衰弱、失眠及冠心病、高血压等。

二、按相应部位配穴

此法较简单易于掌握，临床应用颇为广泛。即据病变所在，在耳廓与之相对应的部位于进行治疗。如肩周炎取肩穴、网球肘取肘穴，胃炎取胃穴，偏头痛取太阳穴等。

三、按现代医学理论配穴

此亦临床常用之法。耳穴中有不少按现代医学的名称命名的，如皮质下、交感、肾上腺、内分泌、耳迷根等。这些穴位的穴位功能和现代医学所述的基本一致，如交感，有近似交感神经和副交感神经的作用；肾上腺穴，则具有近似肾上腺的功能。因此，可从现代医学的理论来选用此类穴位。

四、按经络学说配穴

经络学说虽主要指导体穴的运用，但在耳穴配穴治疗时亦可借鉴。它包括三方面：(一)辨经配穴：即依据经络循行的部位辨出何经受病，即配与该经经名相应的耳穴。如偏头痛，其循行部位属胆经，故取耳廓之“胰胆穴”。(二)异经配穴：又名表里经配穴，某经受病，可取与该经相表里的经名相应的耳穴。如咳喘，除取与肺经相应的肺穴，亦可取与肺经相表里的大肠经相应的耳穴：大肠穴等。(三)按经络病侯配穴：系依据经络之“是动病”和“所生病”来配穴。如上齿痛属足阳明胃经，是动病则齿痛，可配胃穴治疗；下齿痛，属手阳明大肠经，是动病则齿痛，可配大肠穴治疗等。

系指在临床实践中发现的，对某一或某些病症有独特作用，但又不同于上述四种配穴法的耳穴。如耳尖穴治高血压、流行性腮腺炎等，肩穴治疗胆石病，枕穴治疗老视眼等。

六、按耳诊所配穴

在耳穴疹断过程中，通过望诊或触诊检测得的阳性反应物，可作为配穴的依据。其中，呈强阳性反应者，宜考虑为主穴，一般阳性反应的，酌取作配穴。

在实际临床治疗中，上述配穴法难以截然分开，而应根据具体病症结合运用。如高血压，可据西医理论取交感、按脏腑学说加心，经络学说配肝，根据临床经验选降压沟或耳尖等，据耳诊则多发现肾上腺、枕、额等穴有阳性反应，这样就能组穴处方。