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中医认为，肾脏与骨骼、骨髓、脑皆有密切的联系，例如《内经‧痿论》“肾主身之骨髓”、《内经‧宣明五气》“肾主骨”、《内经‧五藏生成》“诸髓者皆属于脑”，《内经‧奇病论》“髓者以脑为主”、《内经‧海论》“脑为髓之海”。

据现代医学的发现，“肾主骨”体现在几个面向︰

• 肾脏本体能活化维他命D，促进钙、磷在肠道的吸收，也促进肾小管重吸收钙，维持骨钙和血钙。
• 肾脏本体负责释放红血球生成素(EPO)刺激骨髓制造红血球，肾脏衰竭者必贫血，这个在古典中医的论述较少提及。
• 肾上腺分泌的皮质醇过多，会令全身的蛋白质被过度分解，骨中缺乏蛋白质也会造成骨质疏松。
• 生长激素、褪黑激素、肾上腺皮质素、甲状腺、性激素等等内分泌都会影响骨质的生长、发育、与代谢。
• 特别是，甲状腺的降钙素能抑制蚀骨细胞、从而抑制骨质分解，促进骨骼对钙的吸收，减少血液中的钙及磷酸盐；副甲状腺素则提升蚀骨细胞的活性，使骨质分解，钙、磷酸盐释入血液。

所以，广义的肾系统包含了多种内分泌的机能，具有促进骨骼生长、发育、形成的作用。

“肾主脑髓”则体现在几个面向︰

• 在成长过程中，甲状腺素能直接影响脑部的生长发育，所以肾气部分实质也涵盖甲状腺素的机能。
• “肾藏精”，肾脏所藏的精华物资“肾水”或“肾精”是用于建构脑部神经网络的基础物资，肾水足则脑强。

牙齿也是种骨骼，故中医有“齿为骨之余”之说，肾强则齿壮。但若齿不壮、或是拔牙，会反过来影响到肾气吗？2012年，三总发表一份研究报告指出“男性拔牙1和1.5年之后，勃起障碍风险比对照组高出1～1.26倍，40岁以下男性则高达1.78倍。”所以拔牙竟会导致勃起障碍？这样解释其实是倒因为果，这个研究应该这样解释︰患者因为肾气不足，导致牙差、容易蛀，蛀牙严重的就被拔除了。肾气不足是原因，牙被拔与勃起障碍同是结果。此研究至少展示了牙齿与生殖机能确有某种联系，而生殖机能则被囊括在中医广义的肾系统之中。