1.按时开穴法：

首先必须将患者来诊的日时干支推算出来，然后结合十二经脉流注和五输穴的相生顺序开穴。如甲日胆经主气，在甲戌时开胆经井穴窍阴，甲戌的下一个时辰是乙亥，为阴时，阳日逢阴时则闭，无穴可开；再下一个时辰是丙子，属阳，阳日遇阳时则有穴可开，按经穴相生的顺序，胆属木，木能生火，小肠属火，故应用开小肠经穴，窍阴属金，金能生水，小肠经的水穴是前谷，故丙子时当开前谷;丙子时后是丁丑时，属阴，无穴可开;再下一个时辰是戊寅时，属阳，本着经生经、穴生穴的规律，应开胃经的俞穴陷谷，根据返本还原的规律，同时要开胆经的原穴丘墟；再下一个时辰是已卯属阴，无穴可开；再下一个时辰是庚辰，属阳，按经穴相生，应开大肠经阳溪穴；下一个时辰是辛巳，属阴，无穴可开；再下一个时辰是壬午，属阳，按经穴相生，当开膀胱经委中，再下一个时辰是癸未，属阴，无穴可开；最后一个阳时是甲申，甲日两见甲叫日千重见，因为天干10个，经脉12条，十天干不够配十二经，所以必须反复重见，即甲日重见甲，乙日重见乙…。五输穴依次开完后，重见如何开穴？甲申如何开穴？这就要根据阳经气纳三焦，阴经血归包络和阳经纳穴他生我，阴经纳穴我生他的规律来开穴。凡是阳干重见必是纳入三焦而开三焦经穴；阴干重见必定纳入心包络而开心包经穴。根据阳经纳穴他生我的原则，甲申时应开三焦经的水穴液门。

为了便于临床运用，前贤拟定了子午流注逐日按时定穴歌，将纳甲法按时开穴全部列出，现录于下。

戊寅陷谷阳明俞返本丘墟木在寅。

庚辰经注阳溪穴，壬午膀恍委中寻，

甲申时纳三焦水，荥合天干取液门。

2.忆日酉时肝大敦，丁亥时荥少府心，

己丑太白太冲穴，辛卯经渠是肺经，

癸巳肾宫阴谷合，乙未劳宫火穴荥。

3.丙日申时少泽当，戊戌内庭治胀康，

庚子时在三间俞，本原腕骨可法黄，

壬寅经火昆仑上，甲辰阳陵泉合长，

丙午时受三焦木，中渚之中仔细详。

4.丁日未时心少冲，已酉大都脾土逢，

辛亥太渊神门穴，癸丑复溜肾水通，

乙卯肝经曲泉合，丁巳包络大陵中

5.戊日午时厉兑先，庚申荥穴二间迁，

壬戌膀恍寻柬骨，冲阳土穴必还原，

甲子胆经阳辅是，丙寅小海穴安然，

戊辰气纳三焦脉，经穴支沟刺必痊。

6.己日已时隐白始，辛未时中鱼际取，

癸酉太溪太白原，乙亥中封内踝比，

丁丑时合少海心，己卯间使包络止，

7.庚日辰时商阳居，壬午膀恍通谷之，

甲申临泣为俞木，合谷金原返本归，

丙戌小肠阳谷火，戊子时居三里宜，

庚寅气纳三焦合，天井之中不用疑。

8.辛日卯时少商本，癸巳然谷何须忖，

乙未太冲原太渊，丁酉心经灵道引，

己亥脾合阴陵泉，辛丑曲泽包络准。

9.壬日寅时起至阴，甲辰胆脉侠溪荥，

丙午小肠后溪俞，返求京骨本原寻，

三焦寄有阳池穴，返本还原似的亲，

戊申时注解溪胃，大肠庚戌曲池真，

壬子气纳三焦寄，井穴关冲一片金，

关冲属金壬属水，子母相生恩义深。

10.癸日亥时井涌泉，乙丑行间穴必然，

包络大陵原并过，己巳商丘内踝边，

辛未肺经合尺泽，癸酉中冲包络连，

子午截时安定穴，留传后学莫忘言。

按照上面举例和子午流注逐日按时定穴歌可以看出，阳日阳时开阳经穴，阴日阴时开阴经穴，1日12 个时辰有6个时辰无穴可开，10日120个时辰就有60个时辰无穴可开，这给子午流注纳甲法的临床应用带来许多困难。到了明代，李挺根据十干化运，合日互用，又开了36个时辰的穴位(如甲日乙亥时无穴可开，根据合日互用可开己日乙亥时中封)，但仍有24个时辰的是闭时闭穴。后世医家通过反复临床实践和推算，提出了一、四、二、五、三、0的反克取穴法。这个根据六甲周朔，阳进阴退开井穴和阳日阳时开阳经，阴日阴时开阴经以及地支顺时推进等基础，进行推算，解决了癸日十时不开的不足，根据反克推算，就能将10日共120个时辰纳甲法所要开的穴位全部开出，这为子午流注纳甲法的临床运用大大推进了一步。现将一、四‧二‧五‧三、0反克取穴法列附表于下，以便运用。

2.定时开穴法

此法是根据患者的具体病情，结合五输穴的主治作用，再按照腧穴所主开的时间，采取定时开穴治疗。如肺经井穴少商，主治咽喉肿痛、中风不语等病症，其流注时间为辛日辛卯时，因此可约定病人在此时开穴治疗；胃经合穴足三里，主治胃痛、呕吐、腹胀、泄泻等证，其流注时间为辛日戊子时，可在此时开穴治疗；胆经合穴阳陵泉，主治黄疸、脇肋痛、下肢痿痹等病症，其流注时间为丁日甲辰时，可在此时开穴治疗，其余五输穴均可依此类推，在临床上进行定时开穴治疗。