臨床針灸治病,需組成一定的針灸處方,其中可以用子午流注的開穴作為主穴,其他有關腧穴作為配穴。如咽喉腫痛、失語患者,可在辛卯時開取井穴少商為主,再選開天突、廉泉為配穴;耳鳴、耳聾患者,可在丙午時開取輸穴中渚為主,再選開翳風、聽宮為配穴等。在針刺操作順序上,一般先針主穴,後針配穴,主配結合,可提高臨床治療效果。