临床针灸治病，需组成一定的针灸处方，其中可以用子午流注的开穴作为主穴，其他有关腧穴作为配穴。如咽喉肿痛、失语患者，可在辛卯时开取井穴少商为主，再选开天突、廉泉为配穴；耳鸣、耳聋患者，可在丙午时开取输穴中渚为主，再选开翳风、听宫为配穴等。在针刺操作顺序上，一般先针主穴，后针配穴，主配结合，可提高临床治疗效果。