明清时期，是我国针灸学从成熟而又逐步走向衰落的时期，虽然，这一时期偏重针法的应用，但灸疗也有一定的进展。明代著名医家张景岳，在所著《类经图翼‧卷十一》中，专门辑录明以前几百个灸法验方，涉及内、外、妇、儿各科几十种病症。另在《景岳全书》9～36卷所论述各科70余类病症中，有二十类提到针灸疗法，其中涉及灸方的达十五类，并详细论述了灸法的治疗作用。因此，可以说是对明以前灸疗临床经验的一次总结，明代伟大针灸学家杨继洲，也重视灸法的研究和实践，强调针灸并重。《针灸大成》第九卷，论述灸法凡四十一节，内容涉及广泛，有灸法、取膏肓穴法、相天时、发灸法及艾灸补泻等，以及灸治各种急慢疾病二十余种。在施灸方法的革新上，值得一提的是艾卷灸法的创用。此法最早记载于明初朱权之《寿域神方‧卷三》，其云：“用纸实卷艾，以纸隔之点穴，于隔纸上用力实按之，等腹内觉热，汗出即差”。其后，逐渐发展，又在艾绒里掺进药末，命名为“雷火针”或“太乙神针”。所谓针，其实是灸，因它操作之法类似针法──隔几层纸或布，实按在穴位上之故。艾卷灸操作方便，痛苦又较小，且可随意调节热力，故很快得以推广。后来还有《太乙神针心法》(韩贻丰)、《太乙神针》(范毓﹛81﹜传、周壅和编)等专书出现和流传。除此之外，明代还有灯火灸的记载，系指用灯草蘸油点燃直接烧灼穴区肌肤的一种灸法；也有利用铜镜集聚日光作为施炙热源的“阳燧灸”等。
清代，是对我国灸疗法的总结时期。其中较有代表性的清‧咸丰时医家吴亦鼎所撰的《神灸经纶》一书，他在该书引言中指出：“灸法亦与地并重，而其要在审穴，审得其穴，立可起死回生”，说明灸法之重要。《神灸经纶》全面总结了清以前有关灸法的理论和实践，并参合了不少作者本人的临床经验。是一本集大成式的灸法专著。另如清‧廖鸿润的《针灸集成》也收载了大量灸疗的历代文献，予以分类编排，如制艾法一节，就选录了《医学入门》、《医方类聚》、《局方》等多种前人著作的论述。对“发灸疮法”、“疗灸疮法”、“调养法”等都作详细的介绍。
在施灸的方法上，赵学敏所撰的《串雅外编》一书中，介绍了不少民间灸法，如鸡子灸，其法为“鸡子煮熟，对劈去黄，用半个合毒上，以艾灸”(《串雅外编‧卷二》)，另如碗灸、麻叶灸、桑木灸等，应视为是对丰富多彩的灸法的一种补充。清代末年，由于清政府在太医院等官方机构中废止针灸，导致了整个针灸学的衰落。灸法则因其法简单方便价廉而又有较好效果，在民间仍流传不息。