金元时期，由于针法研究的崛起，灸疗的发展受到一定影响。但以金元四大家为首的不少医家，在灸疗法的巩固和完善方面，仍作出了应有的贡献。刘河间不囿于仲景热证忌灸之说，明确指出“骨热…灸百会、大椎”等，并总结了引热外出，引热下行及泻督脉等诸种灸法，罗天益则主张用灸法温补中焦，多取气海、中脘、足三里三穴施灸，认为可“生发元气”、“滋荣百脉”等。朱丹溪也有不少灸治验案的记载，如“一妇人久积怒，病痫，目上视，扬手掷足，筋牵，喉声流涎，定时昏昧，腹胀痛冲心，头至胸大汗，痫与痛间作，…乘痛时灸大敦、行间、中脘，…又灸太冲、然谷、巨阙及大指甲内间，又灸鬼哭穴，余证调理而妥”(《丹溪心法》)。另如元代名医危亦林，在其所著《世医得效方》载述刺灸法治疗的56个病症中，灸法约占十分之八，且多涉及各科急性热病，时令病及惊、厥、损伤等症。并提出“阴毒疾势困重，…则灼艾法惟良。”(《世医得效方‧集论说》)导阴毒宜灸的观点。在施灸方法方面，则不采用晋唐时期动辄百壮的做法，常因病症、因部位而用竹筋大、麦粒大、绿豆大、雀粪大，或灵活地“大小以意斟量”，以定艾炷之大小。且多数用七壮、二七壮、三五壮等。还重视对于灸后的护理，“以温汤浸手帕拭之”，“以柳枝煎汤洗后灸之”，防止感染，确为经验之谈。