灸疗适应范围广泛，但和其它的穴位刺激疗法一样也有其禁忌。大致包括以下几方面。

一、禁灸部位

古代文献中有不少关于禁灸穴位的记载，但各种书籍之间互有出入，颇不一致。如《针灸甲乙经》仅载24个穴位，《针灸集成》则达49个之多。从临床实践看，其中多数穴位没有禁灸的必要。而部分在头面部或重要脏器、大血管附近的穴位，则应尽量避免施灸或选择适宜的灸法，特别不宜用艾炷直接灸。另外，孕妇少腹部亦禁灸。

二、禁忌病症

凡高热、大量吐血、中风闭证及肝阳头痛等症，一般不适宜用灸法，但并非绝对。

三、其他禁忌

对于过饱、过劳、过饥、醉酒、大渴、大惊、大恐、大怒者，慎用灸法。另外，近年来还发现少数病人对艾叶发生过敏，此类患者可采用非艾灸法或其他穴位刺激法。