梁‧陶弘景撰，七卷。原书己佚，内容尚散见于《经史证类备急本草》中。本书是根据《神农本草经》、《名医别录》的内容各365种，共730种编撰而成，分为玉石、草、木、果、菜，有名未用六类，也是本时期本草发展史上的一项重大成就。《本草经集注》存有两种残卷，一是出土于敦煌石窟的残卷，一是出土于吐鲁番的残卷。

敦煌本残卷只存一卷，也即“序录”部分，原卷长十七米，正背两面均书写。1908年日本人桔瑞超及吉川小一郎受龙谷光瑞之命，在中亚细亚进行探险时，由敦煌携往日本。此卷正面及背面小部分为其他文献内容，背面有720行属《本草经集注》的序录，但缺卷首。据文字内容最末两行写有“开元六年九月十一日尉迟卢麟于都写本草一卷。辰时写了记”的记录，罗振玉氏认为此段文字与原文书法不同而认为应是六朝时的作品。此残卷1955年群联出版社有影印本。

吐鲁番出土的残卷为一28.5×27厘米的残片，卷上只有燕屎、天鼠屎的全文，及豚卵后半部的注文，还有鼹（鼠泉）的前部正文，应是《本草经集注》中兽类药的部份内容。