一字損仲，號損庵，自號念西居士，江蘇金壇人。祖父王皋，父王樵，均進士。王皋任過知府，遷山東按察副使，王樵官至刑部侍郎，右都御使。1579年，王肯堂鄉試中舉；1589年，中進士，同年選為翰林檢討，備員史館4年。1592年授檢討，因上書抗禦倭寇事，被誣以「浮躁」降職，引疾歸，1606年，又補為南京行人司副；1612年，轉任福建參政。

王氏因母病志於醫。1570年，妹瀕死，經王氏治癒。由是延診求方者，庭戶常滿。父王樵以為害舉業，戒止之。罷歸後，復肆力醫學。王氏交遊甚廣，1579年秋，遇繆仲淳於白下（今南京），友誼頗篤。王氏與來華傳教士利瑪竇有交往，探討過歷算。王氏興越廣泛，與郭澹論數緯，與董其昌論書畫，與紫柏大師論參禪，對他改善知識結構，開展醫學研究是有益的。

王氏著有《證治準繩》44卷，《醫論》4卷，《醫辨》4卷，《胤產全書》1卷，《醫鏡》，輯有《古代醫統正脈全書》，含書44種，由吳勉學校刊，王氏所著《郁岡齋至麈》（1602），為讀書見聞札記，有十之三、四為醫學內容，並記述有他與利瑪竇的交往，此外，還撰有《尚書要旨》、《論語義府》、《律例箋釋》等。