目前，中医常见的分科为内科及伤科，健保局亦依此分科给付。伤科即筋肉骨骼疾，如筋肉酸痛、脱臼、骨折；内科即脏腑机能失常、器质损伤之疾，如自主神经失调、失眠、肾脏病等。
古典中医认为，经络网络连系了内在的脏腑与筋骨、皮毛等组织。脏腑为食物的消化吸收及营养的转化、输布、储藏之大本营，位在体腔内；筋骨、皮毛提供对外界的防护、讯息的接收与运动，位在体腔外。平时，人体透过经络调度精血(1)，以濡养经络所流经的脏腑、筋骨皮毛等组织(见“何谓经络、穴道？”一节)，脏腑之间亦透过经络相连系、沟通，达成整体的动态平衡。一旦精血缺乏(如被过耗)，则人体将先供养较重要组织(如脏腑、五官)，次要组织(如筋肉、皮毛)的供养即被缩减或牺牲，长期以往则致筋骨僵硬、酸痛、容易落枕、掉发，或稍受凉、稍运动即拉伤肌肉、抽筋。
另，由针灸穴位可调节脏腑机能这一事实亦可知，经络循行的组织上的讯息或事件亦可透过经络传递至内在的脏腑。特别是，脏腑之间亦透过经络互通讯息，以达整体机能的平衡；而外界环境的条件改变(如气温、湿度)对体内的脏腑机能亦起着相当重要的调节作用(2)。若经络阻塞，内、外界讯息难以传达、沟通，则脏腑各自的及脏腑之间的机能便要失调，营养的吸收、转化、生成与输布即受累，精血的产能亦↓。可知脏腑与筋骨皮毛是息息相关的。
临床上，几乎所有慢性的筋肉酸痛皆可伴见脏腑机能低下或精血不足；即便是急性的筋骨伤，也常见伴有精血不足，肌肉、肌腱等软组织僵硬、骨质不足，故容易受伤。因而我们的治疗就不会局限在酸痛的局部，而是调节、恢复脏腑机能、精血的供给为先。施针灸时也就不以酸痛的局部穴位为重。针灸的主要作用在疏通经脉气血、调节脏腑机能，若患者的脏腑机能正常，仅单纯因外伤导致患处气血阻滞，那么针灸局部或可痊愈，但临床所见多非如此单纯。由世界卫生组织(WHO)、《内经.经脉》篇认可的针灸主治主要为泛内科疾患亦可为佐证(见“针灸只能治酸痛？”一节)。
又，临床上，几乎所有慢性内科疾病皆伴有其相应经络的循行组织的功能低下、筋肉按痛、肿、硬、或凹陷等病态；或见久年的筋骨外伤在先，伤及某经络循行，而其相应脏腑疾病发生在后的现象。因而我们的治疗就不会局限在脏腑，而是以药物及针灸同时疏通受阻的经络气血，调节、恢复经络、脏腑的机能。可见所谓的
【附注】
- “精血”即饮食经消化、吸收之后，再转化、产生的各种人体所须的基础营养物质。
- 外界气候透过经络影响内在脏器的论述散见于《黄帝内经》诸篇。