钱乙原籍钱塘（今浙江杭州）。曾祖时起定居郓州（今山东东平）。姑父吕氏亦晓医术，钱乙稍长即随吕氏习医。他先学《颅囱方》，专攻儿科，以此医名大振。元丰年间（1078～1086），因治愈长公主女儿之病，被授予翰林医官。次年，皇子仪国公患著瘛疭，国医治之不效，经长公主推荐，钱乙以“黄土汤”治愈。遂提升为太医丞并赐紫衣金鱼袋。此后上自达官贵人，下至平民百姓，都愿请钱乙诊病。钱乙诊务繁心，几无虚日，不久因病辞职。后，哲宗皇帝又诏钱乙入禁中，留之日久，而终以疾病告归乡里。晚年左手足挛痹不用，寿终家舍。享年82岁。

钱乙博学多识，虽以儿科最为知名，但治病各科皆通，遣方不泥古人，用药灵活善变而自有法度，著有《伤寒指微》5卷，《婴孩论》百篇，惜已散佚，他的临症经验由门人阎孝忠辑成《小儿药证直诀》三卷传世。成为指导中医儿科理论和实践的重要专著。